Банк был создан в 1992 году в форме товарищества с ограниченной ответственностью и носил наименование «Проком». В октябре 1995 года организационно-правовая форма банка меняется на общество с ограниченной ответственностью, а уже в феврале 1998 года получает новое наименование ─ ООО «КБ «Белон». На тот момент основным участником и клиентом банка являлось ОАО «Белон» — крупный производитель угля и продуктов его переработки. В 2009 году Андрей Добров, генеральный директор ОАО «Белон» на тот момент, продал свою долю в компании Магнитогорскому металлургическому комбинату, выкупив взамен непрофильный для металлургов банковский бизнес. В октябре 2010 год банк получил свое современное наименование — ООО «КБ «Взаимодействие». С сентября 2004 года кредитная организация является участником системы обязательного страхования вкладов физических лиц.

В июле 2014 года банк привлекался к административной ответственности за неисполнение требований законодательства о противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма.

Согласно раскрываемой информации, конечными бенефициарами банка являются: председатель правления, член совета директоров Кирилл Ситро (38,20%), Юрий Грецингер (13,73%), члены правления Сергей Беспалов (9,90%), Светлана Юрась (6,71%) и Наталья Максимова (6,39%), члены совета директоров Алексей Подкопаев и Юрий Маремьянин (по 5,27%), Сергей Попов (5,16%), Константин Ким (5,11%), член правления Ирина Косенкова (4,26%).