Финансовый институт был создан на базе отделения Промстройбанка СССР в г. Великие Луки Псковской области в декабре 1990 года и зарегистрирован как Великолукский паевой универсально-коммерческий банк «ВАКОБАНК». В июне 1992 года был преобразован в акционерное общество открытого типа. В октябре 2004 года был включен в реестр банков — участников системы обязательного страхования вкладов. В феврале 2014 года банк привлекался к административной ответственности за неисполнение требований законодательства о противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма.

В числе основных акционеров банка значились как небольшие организации, так и крупные местные предприятия, в числе которых: АООТ «Великолукстрой», Великолукское районное нефтепроводное управление АООТ «Верхневолжские магистральные нефтепроводы», ОАО «Холдинговая компания ЭЛВО» (в числе акционеров — Фонд имущества Псковской области), ЗАО «Велмаш» (Великолукский машзавод), ОАО «Радиоприбор Плюс», ОАО «Электрофарфор», Завод электротехнического оборудования ЗАО «ЗЭТО» и др. Однако фактический контроль над банком осуществляется Борисом Каракаевым — членом совета директоров кредитной организации с 1996 года. Борис Каракаев в 1990 году избирался депутатом Великолукского городского Совета народных депутатов, в различные годы возглавлял ряд крупных предприятий Псковской области (в том числе акционеров банка), в 2003 году учредил Псковский областной Союз промышленников и предпринимателей. В настоящее время возглавляет совет директоров ВАКОБАНКа, является депутатом Псковского областного Собрания, директором Великолукского радиозавода и занимает ряд других общественных и политических должностей.

Согласно схеме, раскрываемой банком на сайте ЦБ, на сегодняшний день Борису Каракаеву принадлежит 98,63% акций банка: 58,15% — напрямую, а остальная часть — через ООО «Зверохозяйство «Знаменское». Еще 1,32% акций владеет член совета директоров Лариса Латышева, 0,04% числится за миноритариями.