Банк основан в Санкт-Петербурге в 1989 году под наименованием «Ленинградский инновационно-коммерческий банк железнодорожного транспорта» («Ленжелдорбанк») и зарегистрирован еще Госбанком СССР. Первыми пайщиками банка выступили Октябрьская железная дорога и другие предприятия железнодорожного транспорта Санкт-Петербурга. В ноябре 1989 года банк получил современное наименование — «Балтийский». С 2001 года функционирует в виде акционерного общества. С февраля 2005 года входит в систему страхования вкладов. В 2006 году центральный офис банка переехал в Москву. В марте 2015 года в банке было принято решение о возврате головного офиса из Москвы в Северную столицу. После присоединения к Альфа-Банку бизнес кредитной организации будет сосредоточен в Петербурге и на Северо-Западе, а филиалы в других регионах будут ликвидированы или сократят свое присутствие.

В августе 2014 года ЦБ объявил о санации Балтийского Банка с участием Альфа-Банка. Процедуру санации инициировало Агентство по страхованию вкладов по результатам инспекции финансового учреждения в 2014 году. Санации банка предшествовал конфликт между его основными владельцами: президентом банка Олегом Шигаевым и основателем Петербургского агентства недвижимости Андреем Исаевым, которые не могли договориться о продаже Балтийского Банка.

Ранее бенефициарами кредитной организации выступали ОАО «Альфа-Банк» (88,99%) и ООО «Элекс-недвижимость» (10,99%). С октября 2015 года единственным акционером кредитной организации является Альфа-Банк (100%).

Сеть подразделений банка включает в себя два филиала (Санкт-Петербург, Тверь), 26 дополнительных и 21 операционный офис в 12 городах России: Санкт-Петербурге, Мурманске, Пскове, Великом Новгороде, Петрозаводске, Бологое, Киришах, Гатчине, Волхове, Выборге, Твери, Великих Луках. Среднесписочная численность сотрудников на 1 января 2016 года составляла 2 526 человек. Банк обслуживает более 9 тыс. корпоративных и около 1,9 млн частных клиентов.

Кредитная организация предлагает стандартный набор банковских продуктов и услуг, в том числе расчетно-кассовое обслуживание, лизинг, эквайринг, депозиты, векселя, операции на межбанковском денежном рынке, аккредитивы, гарантии, интернет-банкинг и др. Ключевые направления бизнеса — кредитование юридических и физических лиц, РКО (в том числе по зарплатным проектам), операции на рынке ценных бумаг, привлечение в депозиты средств частных клиентов, которые в офисах банка могут также осуществить денежные переводы через систему Western Union, арендовать сейфовые ячейки, оформить банковские карты международных платежных систем Visa и MasterCard. В обращении находятся 837 тыс. карт, эмитированных банком. Для их держателей функционируют 694 банкомата, из них 315 расположены в Санкт-Петербурге. Объединенная сеть банкоматов Альфа-Банка и Балтийского Банка насчитывает более 5 тыс. устройств в 409 городах России.

Активы нетто за период с января 2015 года по март 2016 года показали значительное снижение (-16,3 млрд рублей, или 15,3%), составив на 1 апреля 90,4 млрд рублей. В пассивной части баланса все показатели продемонстрировали отрицательную динамику: произошел значительный отток вкладов физлиц (-14,03 млрд рублей, или 27,01%), сократились объемы средств юрлиц (-3,03 млрд рублей, или 4,9%) и выпущенных банком векселей (-6,9 млн рублей, или 6,9%). В активной части баланса сократился портфель выданных МБК (-17,5 млрд рублей, или 36,8%), а также снизились запасы активов высокой ликвидности (-7,5 млрд рублей, или 66,2%), объем вложений в ценные бумаги (-4 млрд рублей, или 88%) и кредитный портфель (-4,3 млрд рублей, или 15,3%). При этом объем прочих активов продемонстрировал положительную динамику, увеличившись на 16,7 млрд рублей, или 135%.

Средства населения в пассивах банка составляют умеренную долю в 41,9%, их объем за рассматриваемый период сократился на 27,01%. Остатки на счетах и депозиты предприятий формируют 64,9% пассивов банка, причем 98% этих средств (57,4 млрд рублей) сформировано средствами АСВ, выделенными в рамках санации. Обороты по счетам клиентов составляют 28—82 млрд рублей ежемесячно. Чуть менее 1% приходится на портфель собственных выпущенных векселей. По состоянию на 1 апреля 2016 года размер капитала имел отрицательное значение.

На текущий момент 33,2% приходится на портфель средств, размещенных в российских банках, а также банках-нерезидентах, которые практически полностью предоставлены на срок до трех лет. Прочие активы формируют 32,1% нетто-активов, в их состав входят основные средства и вложения в приобретенные права требования. Доля кредитного портфеля — 26,3%, высоколиквидных активов — 4,2%, вложений в ценные бумаги (гособлигации, корпоративные облигации иностранных эмитентов, акции) — менее 1%.

Кредитный портфель — 23,7 млрд рублей, с начала 2015 года сократился на 15,3%. Кредитный портфель на 68,2% (-6,6% с начала 2015 года) представлен кредитами юридическим лицам, 31,8% (-29,3% с начала 2015 года) занимает розница. Согласно отчетности банка (РСБУ), уровень просрочки по кредитам на 1 апреля 2016 года является достаточно высоким — 46,9%, резко вырос в динамике (1,6% на 1 января 2015 года), при этом резервами покрыто 27,9% всех ссуд, что косвенно может говорить о низком качестве кредитного портфеля. Кредиты обеспечены залоговым имуществом на сумму 13,3 млрд рублей (56,2% кредитного портфеля), не считая гарантий и поручительств, что является умеренным показателем. Согласно отчетности по МСФО за 2014 год, структура кредитного портфеля была представлена следующими основными отраслями экономики: инвестиции и лизинг (47,2%), государственные и муниципальные органы власти (10,2%), торговля (5,1%), строительство и операции с недвижимостью (2,2%). Банк также выделяет умеренную концентрацию кредитного риска: на восемь крупнейших заемщиков приходится 31,5% кредитного портфеля.

На рынке межбанковского кредитования банк выступает исключительно в роли нетто-кредитора, размещая избыточный объем ликвидности в больших объемах (30—32 млрд рублей ежемесячно). До санации банк размещал минимальные объемы. На рынке валютных операций банк проявляет умеренную активность, обороты по соответствующим счетам составляют 10—15 млрд рублей ежемесячно.

Согласно данным отчетности по РСБУ, по итогам 2015 года банк понес убыток в размере 679,2 млн рублей (по итогам 2014 года аналогичный показатель составил 4,4 млрд рублей). За I квартал 2016 года банк заработал 344,2 млн рублей.

Совет директоров: Андрей Соколов (председатель), Сергей Шевченко, Михаил Гришин, Михаил Повалий, Алексей Чухлов.

Правление: Сергей Шевченко (председатель), Дмитрий Пожидаев, Максим Гордюков, Яна Шепелева, Евгений Смирнов.